中山亲子鉴定遵循孟德尔遗传学原理：子女的基因型一半来自母亲，另一半来自父亲。由于人类为二倍体生物，因此在对人类样本进行DNA亲子鉴定时，每个检测位点都会有两个数字，相同数字表示纯合子，不同数字表示杂合子。在对成年人和孩子的DNA样本进行比对时，大于三个位点不符合遗传规律的情况，意味着两者之间不存在亲子关系；而所有位点符合遗传规律的情况，则支持两者存在亲子关系。如果少于三个位点不符合遗传规律，则需要增加检测位点进行判定。根据亲子关系判定的技术标准，在二联体亲子鉴定无法满足支持亲子关系的标准时，需要进行增加检测。增加检测的方案有两种：一是对成年人和孩子进行常规的21个基因座位点的检测，增加至40个基因座位点；二是增加检测未参与方父母的样本，进行父母子三联体亲子鉴定。这样可满足给出鉴定意见的标准。

中山司法亲子鉴定通常要求进行父母子三方都参与的三联体亲子鉴定，以确保该司法鉴定委托得到双方父母的同意，并体现父权和母权的平等权利，避免因一方未参与而导致的否定单方的二联体亲子鉴定情况发生。三联体亲子鉴定是父亲、母亲和孩子共同参与的亲子鉴定。根据不同的情况，三联体亲子鉴定可以确认疑父（仅确认父亲）、双亲皆疑（确认疑父和疑母）。