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STR有何优势?中山盛泽亲子鉴定中心分享
STR即短串联进行重复时间序列(shorttandemrepeat),也称微卫星DNA(microsatelliteDNA),是以2~6个碱基可以作为核心工作单位,重复使用串联起来形成的一类DNA序列。整个社会人类通过基因组中平均每15kb就存在这样一个STR,目前已发现超过7000个。由于STR核心技术单位需要重复数目在个体间呈现一种高度发展差异性且数量不断丰富,构成了其遗传基因多态性。
STR有何优势?
STR位点除了具有高度的多态性外,还具有突变率低、分辨能力强、检测标准化容易等优点,目前国际上常用的犯罪DNA数据库大多以STR位点为基础。
STR检测
目前,荧光标记PCR-CE技术广泛应用于法医实践,也是STR分型技术的金标准。PCR-CE技术分辨率极高,即使核心序列相差一个重复,也能成功分型。检测结果分型谱直观,易于分析。
然而,PCR-CE分析存在一些不可避免的问题:
1.PCR-CE技术只能分析基因序列长度的多态性,不能区分序列中碱基的差异
2.对于混合检材分析,不同数据来源检材含量的比例情况相差较大悬殊时,PCR-CE往往通过检测不到混合物中量少的检材;
3.在对Atlas的分析中,我们经常遇到一些影响分类甚至导致错误分类的情况,例如,错误命名的等位基因标记,错误识别的内部标记,基线的跳跃和摆动,结巴峰,阶梯下峰等。
NGS技术的诞生解决了PCR-CE在STR检测中的上述问题:
1.NGS在STR分析中更为精确,它能够准确地检测到DNA序列,并能够显示STR等位基因的核心序列和侧翼序列之间的真正差异。通过NGS测序,PCR-CE分析发现同一基因型的STR位点实际上是不同的基因型。这也表明,如果达到相同的分辨率,NGS需要更少的基因座;
2.对于混合检测中的痕量样品,NGS凭借其高通量的特点,通过对大量数据的处理和分析,可以灵敏地检测出痕量样品的DNA序列;
3.基于自己一份微量检材的一次进行实验,NGS在获得STR的同时,还可以通过获得SNP、Indel、mRNA等各种不同类型的大量使用遗传标记数据信息,而这是我国现有一代测序技术平台所无法真正做到的。从微量的生物检材中挖掘出案件所需要的全部遗传学相关信息,这对于我们实战来说就是具有无可比拟的吸引力。