亲子鉴定的基本原理有以下两点：

(1)在肯定孩子的某个等位基因是来自生父，而疑父并不带有这个基因的情况下，可以排除他是孩子的生父。显然，检查的遗传标记越多，非生物学父亲被排除的概率就越大。

(2)在肯定孩子的某些等位基因是来自生父，而疑父也带有这些基因的情况下，不能排除他是孩子的生父。这时可以计算如果判断他是孩子的生父，理论上把握度究竟有多大。

在一个家庭中，遗传规律可概括为：

(1) 孩子不可能带有双亲均无的等位基因；

(2) 孩子必定得到双亲每一方的一对等位基因中的一个；

(3) 除了在双亲都带有相同基因(如A)的情况下，孩子不可能带有两个相同基因(AA)；

(4) 某个基因在双亲中的一方或双方为纯合子时(AA)，必定要在孩子中表现出来(A)。

双等位基因遗传标记亲子鉴定的基本遗传原理可以推广到多个等位基因的遗传标记，如STR系统。

检测遗传标记需用标准化方法，标准化方法的必备条件为：

(1) 基因座名称、染色体定位以及相关特征已有文献报道；

(2) 已完成种属特异性、灵敏性、稳定性等研究；

(3) 有可供使用的群体遗传数据，包括有关人群的等位基因频率或单倍型频率；

(4) 用于亲子鉴定的分型方法与用于群体遗传数据分析的实验方法完全相同。

目前常用的标准遗传标记类型和实验方法有:红细胞血型、白细胞血型、红细胞酶型、血清型、单基因座探针限制性片段长度多态性(DNA纹印)及单基因座扩增片段长度多态性，包括用聚合酶链反应(PCR)检测的可变数目串联重复多态性(WNTR)和短串联重复多态性(STR)。其他实验方法对于亲子关系鉴定可能也有效，可作为补充实验，如多基因座探针限制性片段长度多态性(DNA指纹)、线粒体DNA序列多态性，Y-STR分型等，但不能代替标准化实验方法。

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